肝結石的發病原因與膽道反復感染、營養不良以及寄生蟲有關，而肝內膽管結石以膽色素結石為主。膽囊結石以膽固醇結石為主，與營養過剩、血脂水平增高有關。肝結石常見原因如下：1、反復感染：在肝內膽管反復感染基礎上形成結石；2、營養不良：多數患者來自于農村，營養、膳食結構屬于低蛋白血癥表現，通常在進行手術后會要求患者多進食動物蛋白，以改善營養不良癥狀，降低結石發病率；3、遺傳：通常在膽道結石中，尤其肝內膽管結石屬于較難治愈的疾病且容易復發，在某種程度上該疾病與遺傳有關。通常治療時會打開膽道進行探查，術后可能還需要進行多次膽道鏡取石。