對于肝結石檢查手段最常用的是超聲檢查。超聲檢查能夠了解肝內膽管結石位置、數量的多少以及是否合并肝臟實質病變，如肝臟萎縮、肝臟硬化等情況。另外較為精確的檢查是腹部增強核磁，對于肝臟是否合并惡性腫瘤，以及膽道顯影會更為清晰。 在做肝臟切除手術前，必須進行相關核磁檢查，CT檢查也能夠起到類似作用。但目前在肝臟膽管結石過程中，更愿意接受核磁影像結果，因為對膽道顯影更有優勢。除特異的影像檢查外，還有常規檢查，如血常規、生化、凝血以及腫瘤標志物，均為了解患者一般情況以及肝臟功能情況的重要指標。如果預計切除肝臟一部分，還要進行肝臟儲備功能檢測，檢測殘余肝臟是否能夠維持身體所需，做出十分精準的評估。對于復雜肝臟切除手術，甚至需要進行3D重建，借助于影像學技術，對于需要切除肝臟和切除病灶進行可視化三維重建，從而對規劃手術方案、醫生了解切除病變非常具有幫助。