下丘腦損傷會影響下丘腦-垂體軸，導致內分泌紊亂，影響腎上腺、甲狀腺和性腺功能，也會影響生長激素、水平衡，以及產乳激素。下丘腦損傷后可能會出現中樞性的腎上腺皮質功能不全，還會出現中樞性腎上腺的甲狀腺功能不全，對性激素水平造成影響，可能會出現下丘腦導致的閉經。對于女性，同時也會引起水的代謝問題，比如會出現中樞性的尿崩、高泌乳素血癥等情況，這些都是下丘腦損傷后可能會出現的問題。下丘腦其實是內分泌中樞，與垂體通過激素釋放，對內分泌的系統進行精確調節，因此下丘腦損傷后對腎上腺、甲狀腺、性腺功能，以及產乳激素、生長激素、水代謝都會有較大影響。