肛門疼痛主要針對不同病因采用不同的治療方法，如果由神經官能癥引起，病人會懷疑肛門疼痛，通過各種檢查發現，肛門組織結構正常，沒有其它病因，這時考慮原發性神經痛或神經官能癥，采取止疼藥物或者抗抑郁藥物，抑制疼痛；如果由肛門疾病引起，比如肛裂、痔瘡，毫不猶豫采取手術方法；如果由感染引起，比如肛竇炎、肛周膿腫，可以局部使用消炎止痛藥物，利用抗生素抗感染的方式抑制；如果由損傷引起，如骨折引起的疼痛，采取固定的方式控制疼痛。