病態竇房結綜合征主要由于竇房結及其周圍組織損傷引起，預防主要是保護竇房結。最常見的冠心病、心肌炎等疾病可以影響竇房結功能，臨床需預防這些疾病的發生。改善生活方式預防可以損傷竇房結的疾病，比如健康飲食、合理膳食、預防冠心病、合理調整作息、避免勞累、避免感染、防止心肌炎等疾病，可以預防病態竇房結綜合征。平時日常生活中不要濫用藥物，在合理用藥同時，可以避免由于洋地黃等藥物中毒導致的病態竇房結綜合征。雖然沒有特殊針對病態竇房結綜合征的預防措施，但無論何種疾病，合理膳食、適量運動、合理休息、保持良好心情，對各種疾病的預防都有好處。