先天性心臟病是一大類疾病，有復雜和簡單之分，而對于每一種先天性心臟病而言，病情也有病情輕和病情重之分。而對于簡單性的先天性心臟病，例如房間隔缺損、室間隔缺損、動脈導管未閉等，這些簡單性的先天性心臟病，手術后預后很好，遠期效果也很好。嬰兒治療以后，遠期和正常嬰兒沒有大的差別，所以遠期預后和預期的壽命都較好。而對于一些復雜性的先天性心臟病，比如法洛四聯癥?、心內膜墊缺損等，這些嬰兒手術過后遠期可能會存在一些問題，比如肺動瓣的再狹窄、肺動瓣的反流，或者房室瓣的反流等。而這些需要患者和嬰兒家長終身去進行健康的管理和跟蹤的隨訪，而部分嬰兒可能會因此需要再次手術。所以遠期預后總體來說會比較滿意，但是需要定期隨訪。另外還有一些復雜性的先天性心臟病，比如單心室不能做根治手術，只能做功能矯治，只能做單心室手術，這些嬰兒遠期的預后比較堪憂，遠期壽命達不到正常人的壽命。