嬰兒先天性心臟病的原因包括先天性因素，例如母孕期是否存在感染、高危因素、妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓、妊娠期甲狀腺功能異常等。孕早期是否存在先兆流產或者宮內是否存在先天的病毒感染，孕早期有無接觸致畸藥物、食物以及理化因素的影響，如接觸放射線等，這些情況都可以引起嬰兒的先天性心臟病?；蜃儺惢蜻z傳背景都可以導致先天性心臟病的發生，例如攜帶先天性心臟病的相關致病基因，或者家族中存在先天性心臟病的家族史，這類嬰兒患有先天性心臟病的概率會高于其它兒童。部分嬰兒的病因尚不明確，比如是內因和外因共同作用的結果。無論何種原因，一旦明確為先天性心臟病，建議完善心臟彩超，以評估先天性心臟病的類型。