對于嬰兒先天性心臟病引起的原因，即確切的原因，目前不是太清楚，但根據目前研究來發現有3個因素引起來。具體如下：一、外部環境因素：?包括物理、化學、生物等各種因素。1、物理：比如最常見的X線接觸，即放射線的接觸，從而引起先天性心臟病的發生；2、化學：如藥物，在服用部分藥物后，可能會導致嬰兒先天性心臟病的發生；3、生物：如感冒、感染，即病毒感染與先天性心臟病的發生密切相關，如風疹可以出現先天性風疹綜合征，從而會出現肺動脈狹窄等先天性心臟病。二、內在因素：還有部分先天性心臟病是由于遺傳背景、基因突變、染色體異常所引起來的，即與內在因素有關，如有部分染色體疾病。先天性心臟病發生的原因是由于染色體疾病所導致的，比如常見的21-三體，又稱為先天愚型，其容易合并室缺、房缺、心內膜墊缺損等。還有是18-三體，其容易合并房缺等。這些都是由于內在的基因突變、染色體異常所引起的先天性心臟病。三、環境和內在因素的相互作用：多數嬰兒即80%、90%的嬰兒可能找不出來明確的基因突變或染色體異常，也找不到接觸過的感冒、病毒、細菌和藥物。對于這種情況，通常都認為是由于環境和內在的因素相互作用的結果，即嬰兒可能本身有基因缺陷，又受到外部的化學、物理、生物等因素的刺激，從而導致先天性心臟病發生，這是目前先天性心臟病的主要病因。對于先天性心臟病，具體的每種病因現在并不是太清楚，至于具體到某個人患先天性心臟病的原因是比較復雜的，但多數都是內因和外因相互作用的結果。