膽管癌根據發生的部位可以分為肝內膽管癌、肝門部膽管癌及肝外膽管癌，均起源于膽管上皮。盡管部位不同，但形態基本均相同。膽管癌鏡下形態可以分為較多種類型，如乳頭狀，即乳頭狀腺癌；可以長成硬結狀；也可以有黏液腺癌，甚至長成印戒細胞樣膽管癌。上述膽管癌病人早期比較容易出現黃疸，所以病人通常因為黃疸就醫。 臨床還可以根據顯微鏡下細胞的分化程度進行分級，比如高分化、中分化、低分化。分化越高，惡性程度相對越低，可為臨床提供治療和預后的證據。