臨床上腦死亡的判斷取決于原因，不同疾病原因，造成大腦不可逆的功能衰退、消亡，最終可導致腦死亡，比如外傷、嚴重缺血、嚴重缺氧以及不可逆的腦部重大疾病、全身性惡性疾病，最后造成不可逆的大腦、呼吸功能衰竭，患者無法恢復自主呼吸，只能依靠機器維持呼吸。此時瞳孔對光反應完全消失，渾身肌肉無自主活動，雖然患者可維持心跳，但此時屬于腦死亡。臨床上如果觀察患者大腦缺氧4-6分鐘，便可造成不可逆的腦損傷，可宣告大腦生理功能消失，即發生腦死亡。臨床還有多種臨床醫生掌握相應的標準、指征，可以宣布患者腦死亡。