核磁共振檢查屬于一種沒有輻射的影像學檢查方法，弊端是掃描速度比較慢，一般核磁共振檢查掃描時間在10分鐘到1小時不等。例如頭顱平掃核磁共振檢查大概掃描時間在10分鐘左右，但同樣進行頭顱檢查，有些人可能做30-40分鐘。 因為頭顱磁共振檢查還具有很多檢查內容，比如頭顱血管檢查、腦功能檢查、彌散功能檢查、增強檢查，如果這些檢查都加上，可能長達1小時，所以核磁共振的檢查時間要根據臨床醫生開具的檢查單上檢查部位的具體項目決定。