巧克力囊腫術后，如腹腔鏡手術恢復比較快，通常兩周后即可開始正常性生活。應注意避免不潔性生活，以免造成下身病原體上行感染，導致腹腔感染。巧克力囊腫術后身體抵抗力較低，如果此時手術部位有炎癥反應，容易發生感染造成蔓延，導致形成炎性包塊。通常建議應在術后兩周，或月經來潮后再開始正常的性生活，同時應嚴格注意避孕，首選避孕套較經濟、安全、方便。