可以用物理的方法，比如讓病人做霧化，用鹽水做霧化，這樣對氣道有濕化的作用，刺激患者把深部的痰咳出來，但是部分患者即使這樣可能也得不到高質量的痰。可能需要采取有創的檢查，比如常用的支氣管鏡檢查，通過支氣管鏡對有病變的相應部位灌洗鹽水，把帶有分泌物的鹽水吸出來后進行送檢，有可能會查到結核分枝桿菌，提高診斷。當然有一些新的手段，采取咽拭子的方法，患者剛起床不要刷牙洗臉，直接在咽部進行咽拭子做結核菌的檢查也明顯提高查痰的陽性率。 部分人是體檢發現，本身沒有癥狀，不存在呼吸道癥狀，所以很難咳出痰，還有部分人本身不會咳痰，咳出的痰可能又咽下去，所以也很難得到高質量的痰。現在對于咳痰又咽下的患者可以從大便里查結核菌，反過來明確診斷結核。但大便查結核菌有一個缺點，就是如果患者合并腸結核查出來大便是陽性，也不能絕對判斷是患者從肺內咳出來咽下的細菌。