細菌性角膜潰瘍的治療方法主要有以下幾種：1、藥物：主要是抗生素眼藥水，可進行角膜潰瘍的細菌培養及藥敏試驗，包括結膜囊的藥敏加病原體的確診實驗，即可找到敏感菌，同時找到對其敏感的藥物。抗生素滴眼及全身靜脈滴注抗生素的同時，配合促進角膜上皮愈合的藥物，如堿性成纖維細胞生長因子和表皮成纖維細胞生長因子等藥物，促進角膜上皮愈合，降低角膜潰瘍炎癥反應；2、手術：當藥物無法控制，甚至潰瘍即將穿孔時，可進行治療性板層角膜移植術。但細菌性潰瘍一旦穿孔，可能進行穿透性移植時會引起眼內出現感染，此時一旦進行穿透性角膜移植，應在眼球內注射抗菌素藥物，預防眼內炎形成。