通常要通過外科手術將萎縮的膽囊切除，以避免引起更嚴重的并發癥。大多數的膽囊萎縮是由于膽囊慢性炎癥引起，而導致膽囊慢性炎癥的主要原因是膽囊結石，膽囊結石反復刺激膽囊壁而引起膽囊壁的炎癥，膽囊壁增厚，膽囊的收縮功能逐漸喪失。膽囊可以縮小直至膽囊萎縮，內部可以有結石，也有少部分的膽囊萎縮具體病因不清楚。無論是膽囊結石引起的慢性膽囊炎，或者是其他原因導致的膽囊萎縮，膽囊功能已經喪失，膽囊不再具備有儲存和濃縮膽汁的功能，萎縮的膽囊存在于體內反而可能會增加膽囊癌變的風險，如果膽囊結石合并慢性膽囊炎，也可以引起腹部隱痛不適等癥狀。所以膽囊萎縮確診之后，則建議盡早地通過外科手術將生病的膽囊移出體外，以避免后續出現更嚴重的并發癥，特別是膽囊癌，目前發現膽囊癌的發生主要是和膽囊結石合并慢性膽囊炎有關。