因為直腸是腸道末端，手術是有創性治療，手術需要將腸道切斷、重建，并且要同時切斷支配腸道神經，術后功能或多或少會受到影響。尤其是中低位直腸癌，此部分病人術后早期排便習慣必然發生改變，如直腸前切除綜合征，病人表現為疼痛、肛門墜脹感，主要是大便次數增多，每天大便幾十次，每次排便量較少，排便后仍然感覺沒有便干凈。其為非常常見的問題，大多數隨著時間延長，癥狀都會逐漸消失。 近幾年低位保肛手術越來越多，極個別患者病變位置比較低，甚至離肛門2-3cm都力求保留肛門，這部分病人的恢復時間稍長，部分由于括約肌受到一定損傷，術后1-2年都恢復較差，甚至不可能完全恢復，但這種情況比較少見。