上廁所時龜頭刺痛，最常見于以下疾病：1、龜頭炎：病人發生淺表性潰瘍型龜頭炎時，會在龜頭表面出現局部水腫、糜爛面、潰瘍，在排尿時如尿液刺激龜頭表面，便會出現龜頭刺痛癥狀；2、尿道炎：病人發生淋菌性尿道炎時，會出現尿道黏膜水腫、糜爛，導致尿道黏膜破損，排尿時由于尿液刺激，便會導致龜頭、尿道出現刺痛癥狀，或局部刺癢和尿道口分泌物，出現此類癥狀需到泌尿外科或男科就醫；3、尿道結石：病人發生后尿道結石時，當結石劃破尿道黏膜，會出現龜頭放散性疼痛癥狀，在排尿時表現為龜頭刺痛。出現此類癥狀應及時到泌尿外科就醫，通過膀胱尿道鏡檢查可發現尿道結石，通過鈥激光將結石打碎后，用套石籃可以將結石取出，龜頭刺痛癥狀會明顯改善。