通常甲亢被認為是自身免疫性疾病，具體病因不清楚。一些地方研究推測甲亢與微量元素缺乏有關，研究比較多的是硒微量元素，硒的缺乏與甲亢發病有無關系現在也沒有定論。甲亢病因中可有遺傳因素，可能導致家族聚集性發病。 治療方面也有學者探討使用硒制劑治療甲亢，有些小規模研究團隊認為甲亢患者補硒可能使甲功改善更加明顯、甲狀腺結節縮小、甲狀腺抗體顯著降低，但這僅是小規模臨床研究，正規的指南中并無特別推薦，只是甲亢突眼輕度者某些地方推薦使用硒制劑進行治療。