臨床上，系統性紅斑狼瘡主要還是依據病人的臨床表現、癥狀、體征，以及結合特異性化驗室檢查進行判斷，比如病人出現皮膚紅斑、關節痛，甚至出現蛋白尿或心包積液、漿膜腔積液、白細胞減少、血小板減少、溶血性貧血等多系統損害。如果出現2-3條或4條上述癥狀，需去風濕免疫科進行化驗檢查。如果出現抗核抗體陽性或抗雙鏈DNA陽性，甚至補體降低，則可綜合診斷系統性紅斑狼瘡，但最終需依靠專科醫生來進行診斷。系統性紅斑狼瘡是風濕免疫科異質性比較高的慢性風濕免疫性疾病，可以累及全身多個系統。從關節、肌肉、皮膚等，到內臟系統，如腎臟、肺臟、心臟等，所以它診斷依據也非常復雜。