肝硬化患者會出現腦部疾病，主要見于肝硬化合并肝性腦病。肝性腦病的出現，是由于肝硬化失代償期，肝臟功能減退，對代謝產物或有毒物質解毒能力減退，導致有毒物質在體內蓄積，影響到大腦，出現精神神經系統癥狀。容易誘發肝性腦病原因有多種，比如感染、上消化道出血以及大量進食蛋白類食物，而排便不通暢，或者大量利尿、放腹水，導致電解質異常等因素，都會誘發肝性腦病。肝性腦病患者表現為精神神經方面的癥狀，早期患者表現為行為異常、定向能力或計算能力減退、睡眠顛倒等癥狀，中晚期患者會出現不同程度的意識障礙，如嗜睡或不同程度的昏迷。通過病因控制、降血氨治療、調節電解質平衡，以及控制感染等治療方法能夠好轉。但是由于肝硬化失代償期，肝臟解毒代謝能力減退，肝性腦病會反復發生。