會厭囊腫的手術通常是支撐喉鏡下的喉顯微手術，手術步驟要先進行全麻，全麻通常需要氣管插管以及靜脈復合麻醉。全麻成功以后就可以經過口腔，置入硬性金屬的支撐喉鏡，然后從口腔置入到喉腔，暴露會厭舌面，也就是暴露會厭囊腫。暴露之后一般在顯微鏡下，用二氧化碳激光就可以將其完整切除，切除之后創面注意適當止血，通常這種創面不需要縫合，所以妥善止血也很重要，防止術后出現繼續出血。當然會厭囊腫創面，一般出血不會很多，必要時用雙極電凝止血即可。手術結束以后、切除之后，可以將切除的囊腫送病理檢查，包括快速冰凍病理，可以進一步明確診斷，排除可能的喉癌等疾病。當然這種可能性很小，手術妥善止血之后基本就結束了，然后撤出支撐喉鏡，等待麻醉蘇醒，一般病人就可以得到清醒的恢復。