結石微創手術對身體基本無害，手術主要針對＞0.6cm的輸尿管結石或腎結石，術中使用鈥激光光纖對輸尿管黏膜的損傷在0.2mm內，對腎盂和輸尿管黏膜并無較大影響，多數情況下對患者身體無害。手術患者取膀胱截石位，在全麻后常規消毒鋪巾鋪好，而后在直視下通過尿道口插入輸尿管鏡，找到輸尿管開口后插入超滑導絲，進而沿超滑導絲插入輸尿管鏡，最終找到結石位置并插入鈥激光光纖，在直視下通過鈥激光光纖能量將結石擊碎，再使用套式籃取出結石。若為腎結石患者，通常需要通過輸尿管軟鏡碎石，由于結石位于腎下盞或中盞，使得硬鏡無法彎曲進入，從而無法找到結石位置。然而通過輸尿管軟鏡便可較精確地找到位于腎盂各角落的結石，再通過鈥激光光纖在直視下將結石擊碎并取出，對于較小結石可通過技術手段粉末化，多數患者可通過排尿將結石排出。