衣原體也是一種病原微生物，可以感染人體引起相應癥狀。感染人的衣原體，有肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體、沙眼衣原體。鸚鵡熱衣原體往往可以導致患非典型肺炎。沙眼衣原體可以引起眼部感染，眼睛紅、結膜充血、眼睛發癢。另外，沙眼衣原體還能引起尿路感染或者生殖系統的感染。肺炎衣原體會引起肺炎、呼吸道癥狀、肺部感染，病人有發燒、咳嗽、咳痰、干咳、痰少等臨床特征。