生殖道衣原體感染多發生在性活躍人群，主要經性接觸傳染。當機體抵抗力差、生殖道黏膜局部有小破損時，衣原體可以通過破潰處進入組織，然后逐漸大量增殖，形成無感染性實體，而后再成熟成為原體。 感染衣原體的潛伏期是1-3周，大約一半以上患者沒有癥狀。有癥狀的男性衣原體感染主要出現尿道炎，具體癥狀為尿道刺癢、刺痛或有燒灼感，少數有尿痛、尿道口輕度紅腫、尿道分泌物呈漿液性，量比較少，約50%-60%淋病可合并有衣原體感染；有癥狀的女性衣原體感染主要表現為黏液性宮頸炎，出現白帶增多、宮頸水腫、糜爛等癥狀。