食管炎本身可能有很多種原因，但反流性食管炎最根本的病因，就是胃酸反流進入食管造成的食管炎癥，因此食管炎包含反流性食管炎。反流性食管炎是食管炎當中的一種，反流性食管炎明確的病因，是食管下端的抗反流機制的薄弱或者破壞，導致胃里的酸性液體向上反流入食管。正常情況，食管下端是堿性的環境，因此食管黏膜不能夠耐受，胃酸大量的涌入食管的下端，胃酸涌入食管下端就會對食管的黏膜細胞造成腐蝕，造成食管炎、潰瘍甚至狹窄。反流性食管炎具體的病因食道下端括約肌功能的減弱，食道下端是環形的括約肌，起到控制逆向反流的作用。另外一個可能是膈肌變松弛，膈肌變松弛患者就會形成食道裂孔疝，使得食管的下端進一步松弛，這樣就給反流提供解剖學基礎；還有一個原因，食管下端排空功能減弱，也使胃里的酸性液體更容易向上反流，造成反流性食管炎。