發生子宮內膜異位癥的原因，現在還不明確。比較常見的一種比較認可的說法，就是由于經血倒流，子宮內膜隨著經血流到了盆腔，種植在卵巢或者其他部位。每次隨著月經的時候，異位內膜也會發生出血。久而久之，在局部形成包塊，也就是子宮內膜異位囊腫。如果發生在卵巢，叫卵巢子宮內膜異位癥，也叫巧克力囊腫。另外還有免疫學說等，許多研究學說還在研究之中。如果知道主要原因可能是經血倒流，就要注意。在平時，不要在馬上要來月經，或者月經一結束，或者經期時同房。如果同房，子宮收縮可能使得子宮內膜進入盆腔。另外不要過多流產，因為做流產的時候，負壓吸引會使得宮腔內積血倒流到盆腔內，也會引起子宮內膜異位癥的發生。