繼發性感染是指機體在感染一種病原微生物的情況下，由于機體免疫力的低下以及其他原因又重新侵入新的病原體或體內原有潛伏病原體復活，導致感染的出現。繼發性感染的原因很多，最常見的長期的不恰當使用抗生素，比如肺炎的病人使用靜脈輸抗生素的時間過長或選用過強以及過于高級的抗生素治療，可以導致腸道菌群的失調。使原來不致病的潛伏在胃腸道的細菌致病，病人可以出現腹疼、腹瀉、惡心、嘔吐等胃腸道的反應。引起繼發性感染還可以見于原本是細菌的感染，經過抗生素的治療后又重新感染其它類型的病原體，比如真菌的感染，臨床比較常見，尤其不恰當使用抗生素或長時間使用抗生素，通常容易誘發真菌感染。繼發性感染更多見于有基礎病患者，比如慢性腎病、糖尿病的患者。