植物神經紊亂的治療存在一定難度，其治療時間長短不一，效果也不完全一致，有些病情較嚴重的患者治愈后，仍可能出現反復的情況。植物神經紊亂的診斷，在排除器質性病變以后，針對單純的植物神經功能紊亂，進行一定的調整以后，效果較好。但是如果遇到某些特殊情況、誘發因素，仍可能出現復發。另外器質性疾病伴發植物神經功能紊亂，其預后較差。在治療方面，除治療基礎病，還應兼顧植物神經功能的調節治療，關鍵是根據基礎病的治療效果。其伴隨癥狀可以隨原發疾病的好轉而好轉，但是治療療程較長，治療存在一定難度。患者應當配合醫師，積極進行系統、正規的治療，爭取良好的預后。