阿米巴病變部位的分布，依次為盲腸-升結腸-直腸-闌尾-回腸下端。發生腸道阿米巴病時，阿米巴滋養體可以由腸道經血液和淋巴蔓延至遠處器官，引起腸外阿米巴病，其中肝囊腫較常見。還可以在肝內形成膿腫，以栓子的形式進入肺、腦、脾等組織和器官，形成膿腫。另外，胸膜、心包、腦部、腹膜、膽囊、泌尿系統，甚至女性生殖系統，都有可能出現腸外阿米巴病。阿米巴感染普通型起病較緩慢，有腹部不適、大便稀薄、腹瀉、大便數次增多、便秘的表現，腹瀉時大便略有膿血，呈痢疾樣改變。痢疾樣大便可增至10-15次/天或以上，伴有里急后重、腹痛加劇、腹脹。回盲腸、橫結腸、直腸部有壓痛，有時與潰瘍病或闌尾炎類似。全身癥狀較輕，與細菌性痢疾不同，糞便有少量或者多量滋養體，有腐敗腥臭味。