三聯療法根除幽門螺桿菌，常用藥物為質子泵抑制劑，如奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑等，此類藥物副作用較小，極少數患者可能出現頭暈、雙下肢水腫等現象。三聯療法抗生素選擇應根據患者敏感度及幽門螺桿菌耐藥性決定。 抗生素常用阿莫西林、克拉霉素、左氧氟沙星、替硝唑等，不同患者可出現不同反應，常見副作用為過敏，醫生應仔細詢問患者過敏史。克拉霉素常見副作用為口苦，停藥后口苦癥狀可消失。替硝唑常見副作用為口內異味，如金屬味，停藥后可立即緩解。極少數患者服用抗生素后可能出現腸道菌群失調，導致腹瀉、便秘等癥狀。如出現過敏現象較為嚴重，如出現皮疹、呼吸困難等現象，建議及時就醫治療。