通常緊急避孕藥的危害較大，因其雌孕激素含量較高，較多患者服用后可能改變月經規律，表現為服完藥后突然出現陰道出血，類似于月經，且出血時間較長，此時部分患者保守治療可能無效，需要整刮(婦科刮宮手術)才能止血。還有部分患者會出現惡心、嘔吐、頭昏等不適表現。緊急避孕藥作為同房后補服的避孕藥，服用后也有懷孕的可能性，意外懷孕時可能需進行人工流產。短效避孕藥相對較安全，但也有一定副作用，所以用藥者不應屬于禁忌人群，即女性肝腎功能正常且沒有說明書上的疾病，如卵巢腫瘤、內膜腫瘤、乳腺惡性疾病或無法控制的高血壓、糖尿病，以及曾出現中風，此時均不適合服用。對于存在血栓高危風險的女性，如年紀較大且伴有肥胖，或頻繁抽煙，均不適合口服短效避孕藥，因為長期使用避孕藥可能導致血液黏滯度增高，從而增加血栓風險。