病毒性結膜炎與細菌性結膜炎，自行鑒別主要根據分泌物顏色判斷，如果以流淚、水樣分泌物為主，病毒性結膜炎可能性較大。如果是黃色、黏稠分泌物，甚至是膿性分泌物，細菌感染可能性較大。膿漏眼也會出現大量膿性分泌物，但考慮是鏈球菌感染，如果發生于新生兒，首先考慮鏈球菌感染，可局部平點抗生素眼藥水，可能還需要靜脈點滴青霉素類藥物，控制整體炎癥。對于成年人，可能以局部用藥為主，如左氧氟沙星眼藥水等廣譜抗菌眼藥水，聯合更昔洛韋眼用凝膠，治療結膜炎效果較好。如果進行結膜囊分泌物培養，可根據培養結果選用敏感藥物治療，但培養需時間，通常先用廣譜抗生素眼藥水以及抗病毒眼藥水治療。病毒本身屬于自限性疾病，但治療過程中，可能繼發細菌感染，所以需同時使用抗病毒和抗菌眼藥水聯合治療。