病毒性結膜炎通常需使用抗病毒的眼藥水進行治療，目前可以用阿昔洛韋眼藥水、更昔洛韋眼藥水或眼藥膏，以及干擾素眼藥水等，即通過局部的抗病毒藥物，對病毒性結膜炎進行治療。如果患者有全身發熱癥狀，還要對全身進行抗病毒治療。病毒性結膜炎實際上也有較強烈的傳染性，同時是一類自限性疾病，往往在發病前患者會有前期癥狀，在眼紅、痛發生之后，分泌物呈水性。通過兩種或兩種以上的抗病毒眼藥水聯合治療，都可以取得比較好的治療效果。同時需注意，因為病毒性結膜炎有傳染性，所以這類患者不能游泳，不可與他人毛巾、面盆混用等，需注意切斷病毒性結膜炎的傳播途徑，以避免將其他人傳染。