結膜炎由很多病原菌引起，如細菌、其它微生物、立克次體、衣原體還有病毒引起。病毒引起不僅局限于結膜，往往角膜也會受累。臨床在治療時應用抗病毒的藥，如無環鳥苷、阿昔洛韋、更昔洛韋。在北京地區用的更多的是更昔洛韋，因為阿昔洛韋眼藥水有時毒性作用相對大。要注意除了用以上抗病毒的眼藥水以外，應合并用抗生素眼藥水。因為病毒感染的同時預防細菌合并感染，治療效果可能會更好。