腰穿作為神經系統的檢查方法之一，通常對身體沒有害處。腰穿可以測腦脊液壓力，通過壓力檢測觀察有無腰椎疾病、腦部疾病、椎管狹窄等。通過取腦脊液進行化驗檢查，會發現一系列疾病，比如腦炎、腦膜炎、蛛網膜下腔出血以及自身免疫性腦炎。通過化驗腦脊液成分進行確診后，可不斷隨訪觀察治療療效，這是神經科較常用的方法。但是特殊情況不建議做腰穿，如枕骨大孔區、小腦以及脊髓有占位性病變。此類患者做腰穿、放腦脊液時，腦部或者脊髓病變隨著腦脊液動力學的原因會發生移位，會形成腦疝，或者是發生脊髓卡頓、壓迫，會導致不可逆損傷。