肝癌存在一定的誤診的幾率，包括將良性肝臟疾病，誤診成為肝癌，或是將肝癌，誤診成為良性肝臟疾病。對于肝癌的診斷，主要結合患者既往的臨床病史、影像學檢查、腫瘤標志物，必要時，要通過病理穿刺來進行確診。肝癌通常是指原發性肝癌，常見于既往有肝炎病毒感染、長期飲酒、嚴重的脂肪肝、肝硬化或有肝癌家族史的患者，一般影像學檢查，提示典型的肝臟占位，以及特異性的血液供應特點，增強CT和增強核磁，可以確診80%-90%的肝癌，同時2/3的原發性肝癌，可以出現甲胎蛋白異常升高，以及其他腫瘤標志物異常。若患者出現以上表現，通常臨床上不會誤診肝癌。而比較小的病灶，影像學特點不典型，或肝癌合并有壞死，干擾了影像學的檢查，另外腫瘤標志物正常的情況，亦不能排除肝癌。此時應采取密切觀察，必要時可通過穿刺活檢來確診。