食管炎的藥物治療主要是分為三部分，抑制胃酸的藥物、胃腸道的動力藥、胃黏膜保護劑的藥物：1、抑制胃酸藥：食道炎根本的病因是胃腔里胃酸不適當分泌，反流到食道內，造成食道內黏膜損傷。所以臨床上常用的質子泵抑制劑，包括奧美拉唑、雷貝拉唑類的藥物，作用機理就是通過降低胃酸內的濃度，使得到達食道內胃酸濃度減低，以避免強酸對于食道黏膜的腐蝕；2、胃腸道動力藥：通過促進胃腸道蠕動促進胃排空，使胃里面高濃度胃酸的時間縮短，這樣反流到食道內胃酸濃度也降低，也起到促進食道炎緩解的癥狀；3、胃黏膜保護劑：有一些患者如合并的咽喉反流，或者食道內出現黏膜嚴重損傷的時候，會讓患者口服黏膜保護劑如硫糖鋁、碳酸鎂類的藥物，通過在食道黏膜形成膜樣的物質，可以局部中和食道反流的胃酸，也能夠形成一種膜，保護胃酸對于食管黏膜的損傷。