體外沖擊波碎石和體內碎石相比，體外沖擊波碎石副作用小。體外沖擊波碎石常常為非侵入性操作，病人躺到水囊上，通過X線或B超定位后，通過沖擊波原理將結石打碎，沖擊波常常在均勻介質中不釋放能量，當碰到介質發生變化時，才會釋放大量能量，如在組織中碰到較硬的結石時，才會釋放能量，將結石打碎，因此體外沖擊波碎石對身體損害較小。體內碎石通常做輸尿管鏡碎石，病人需要經尿道插入輸尿管鏡，在插入過程中會導致黏膜損傷。輸尿管鏡碎石如果病人有輸尿管狹窄時，還需通過輸尿管鏡鞘來擴張輸尿管，也會導致輸尿管局部損傷，病人有狹窄或水腫癥狀明顯時，做輸尿管鏡碎石還容易導致輸尿管損傷。輸尿管鏡碎石為侵入性操作，對病人的損害較體外沖擊波碎石較大。