經食管超聲心動圖有臨床應用價值，有優點也有缺點，有一些人可能不適合做。最大的優點就是經過食道，食道緊貼在心臟后方，觀察心臟就避免經胸超聲心動圖胸壁、肋骨、肺臟里面氣體的干擾，經食管超聲心動圖最大的優勢是圖像非常清晰，避免外界干擾和其它組織干擾，看的非常清晰就有利于對疾病診斷的準確性。經食管超聲因為在食管里邊還可以放的深入到胃底里面，對經胸超聲做時候的一些切面，進行有效的補充。 心外科的手術或者介入手術，胸壁有切口不適合做經胸超聲引導，可以做經食管超聲，對術者沒有干擾，不影響手術的進行。缺點是畢竟要放入人體內，有一定的不適感、并發癥，如果食道、胃有潰瘍就不適合做這個檢查，或者嚴重的心律失常經食管超聲會誘發這些情況，就不適合做。