經食管超聲心動圖檢查過程中會有一定不適，但完全可以耐受。經食管超聲檢查是超聲心動圖檢查的重要組成部分，是經胸超聲心動圖的重要補充。一般在患者經過經胸超聲心動圖檢查后仍然無法明確診斷，或患者本身不適合經胸超聲心動圖檢查時，可以進行經食管超聲心動圖檢查。經食管超聲心動圖檢查與胃鏡有點類似，但也有很大不同，相似的地方是檢查時都需要經過口咽。 檢查之前先會讓患者服用局麻藥物，如丁卡因膠漿或利多卡因膠漿，起到麻醉患者咽部的效果，減少插管時的不適。現在還開展了無痛經食管超聲，在患者服用局麻藥物之后，再通過靜脈給予患者鎮靜藥物，可以達到患者檢查時不適大大減輕，甚至有些患者在檢查之后對檢查過程完全沒有感覺，這樣可以達到舒適化診斷。