經食道超聲心動圖從準備到檢查完畢大概需要20分鐘，包括術前先要簽署知情同意書，采用鹽酸丁卡因或利多卡因口服對喉部進行局部麻醉，術后清洗和消毒探頭等。 術中從導管進入食道到結束檢查不超過5分鐘，一方面考慮到患者的耐受程度，要將損傷降低到最小，有一部分患者喉部比較敏感，可能要反復操作2-3次才能將導管正確、順利的插入；另一方面在檢查過程中探頭溫度會不斷上升，探頭超過41℃時就會有提示，超過42℃的時候可能對患者的食道造成灼傷，因此檢查要求時間不能過長。在檢查過程中一般是全面留圖，術后對所有的圖像再進行分析、整合、出報告。