經食管超聲心動圖總體來講是非常安全的，數千例的經食管超聲心動圖，沒有出現明顯的并發癥。但是要注意有一些特殊的人群，比如像肝硬化患者存在食道胃底靜脈曲張，或者是有食管損傷的，食管狹窄的，包括食管腫瘤的患者，要特別的小心。如果是有食管胃底靜脈曲張，有可能會造成破裂和大出血，如果是有食道狹窄，如果強行放食道探頭，可能會引起食道的損傷。另外，在術前一定要了解清楚患者相應的病史，必須要詢問清楚，要簽知情同意書。對于心衰的患者，特別是心功能特別差的患者，也要也要特別小心，因為有報道指出過，對于擴張性心肌病或者是嚴重心衰的患者，經食管超聲心動圖有可能會造成心跳呼吸驟停。