咽喉炎通常由病毒或細菌感染引起。部分病毒感染的咽喉炎可傳染，如奮森氏咽峽炎，由特殊類型病原菌感染引起，有一定傳染性。細菌感染一般不具有傳染性，要根據不同情況進行相應預防。少數病人會發生真菌感染，真菌感染一般不具有傳染性，咽喉部真菌感染多是由于患者機體免疫功能低下，或局部應用特殊藥物，影響局部黏膜功能，尤其是防御功能，從而導致感染或繼發感染。不同病原菌的感染，應采用不同的治療方法。