胃腸鏡可分為胃鏡、十二指腸鏡、小腸鏡及結腸鏡、膠囊內鏡等，不同的內鏡插管的部位也有所差別，具體如下：1、胃鏡、十二指腸鏡：從口腔插管，即進鏡；2、結腸鏡：從肛門進鏡；3、小腸鏡：需分兩次進鏡，因為小腸較長，成年人為5-7m不等。小腸鏡需從口側進一次，鏡盡量往深處進，不能往下時在腸壁上打組織夾做標記。隨后從肛門側逆行往上走行觀察后部距離較遠的小腸，盡量找到組織夾所在位置，算是把小腸全部檢查完畢；4、膠囊內鏡：將膠囊口服，隨著膠囊蠕動會啟動拍照在腸道內進行觀察，部分醫院也用膠囊內鏡檢查胃。膠囊內鏡不可取活檢，且存在滯留風險。