胃鏡檢查是經口插入直徑約9mm左右的內鏡，不需要患者做吞咽運動，通常囑患者盡量平靜，用嘴呼氣，用鼻子吸氣即可，檢查的時間通常為5-10分鐘。胃鏡經過會厭部時，患者會有比較明顯的惡心，進到上消化道，包括食道、胃和十二指腸時，如果觸碰到胃黏膜，或者在轉彎處，患者也會有一定的惡心癥狀。檢查過程中患者沒有疼痛感，患者可以選擇做局麻或者全麻的檢查，局麻檢查是指給予患者止惡心和胃里去泡的藥物。如果是全麻檢查，即常規無痛胃鏡檢查，患者不會出現惡心。腸鏡沒有局麻的檢查，通常是普通全麻下的腸鏡，腸道較長1m多且彎較多，有3-4個彎，在經過拐彎處時，患者會有脹痛的感覺。腸鏡檢查是大約11-12mm的軟式鏡，經肛門插入腸腔，檢查總時間通常為15-20分鐘，患者在檢查過程中會有脹痛的感覺。