如果是完全正常的病人，無痛胃腸鏡的檢查過程通常是20分鐘左右。胃腸鏡檢查與技術操作水平，以及病人本身的病變程度有關。有時在胃鏡下看到小息肉，原則上是建議直接進行處理、活檢，因為再次預約腸鏡有可能無法找到病變。如果發現有可疑病變要取活檢，這時耗費的時間會相對較長。另外胃鏡和腸鏡內鏡下如果看到出血病變，可能進行止血治療，會相應延長時間。極個別病人腸道特別長，胃鏡較為困難，時間會相對延長。胃鏡時間較容易把控，因為食管和胃腔隙較大，解剖結構比較簡單，通常在10分鐘以內能夠檢查完畢。但是并非越快越好，一定要仔細進行觀察，避免遺漏病變。