兒童根尖膿腫通常無法自愈，因為小兒根尖膿腫多由牙髓齲損造成，如果不進行根管治療將髓腔內炎癥、細菌、毒素徹底清除和封閉根尖，炎癥一般無法自愈，需經過正規根管治療。乳牙根管治療和恒牙不同，因為乳牙會替掉，根管充填材料不能用常規牙膠尖，需使用可吸收、生物相容性好、不影響恒牙替換的充填材料。 小兒根尖膿腫治療原則為，若兒童無法配合治療，僅通過口服消炎藥無法治愈。通過根管治療后，可輔助使用藥物，如阿莫西林，之后再進行其他輔助治療。