小兒根尖膿腫已經發生瘺管時，通常說明牙髓感染通過根尖孔已穿出根尖區，形成根尖周圍組織牙槽骨炎癥，細菌毒素增加形成膿腫，且再從牙槽骨穿出來形成瘺管。此時多屬于慢性感染過程，僅依靠服用藥物除無法去除根尖瘺管，牙髓感染需將齲損去除干凈。 將牙髓帶根管內感染，即細菌、毒素全部清理干凈，使用機械或者機械加化學方法預防根管再次感染，用生物相容性較好的封閉劑填充，防止再發生瘺管。髓腔原發感染去除后，瘺管會自行封閉。如果僅將瘺管刮除，瘺管仍會復發，所以根尖膿腫的瘺管治療需規范的根管治療。