衣源體感染時懷孕可以繼續妊娠，但是應該給予積極的治療。一般如果是孕早期出現衣原體感染，可以根據孕周的大小以及胚胎發育的情況，酌情判斷是否繼續妊娠。因為衣原體感染，有時會影響到受精卵的發育，可能造成胚胎發育異常，可能出現胎兒發育的受限、遲緩。一般尤其是孕晚期孕婦出現衣原體的感染，胎兒在在分娩的過程中可能也會感染衣原體，造成新生兒的肺炎等繼發感染。因此發現孕期出現衣原體感染時可以繼續妊娠，但要積極給予治療。