因為多囊腎是一種遺傳性疾病，研究顯示多囊腎的主要遺傳方式是常染色體顯性遺傳，所以無論生下的是男孩或者女孩，子女患多囊腎的幾率都是50%。避免子女患多囊腎的方法，可以在受孕早期去做羊水穿刺檢查，觀察胚胎是否患多囊腎。同時可以采取體外受精的方式，如試管嬰兒，通過對胚胎早期進行甄別，將沒有多囊腎基因的胚胎植入母體，可以避免多囊腎的母親產下多囊腎的孩子。目前從總體上看，多囊腎的預后較差，絕大多數人群都會向慢性腎衰竭、尿毒癥的方向發展。因此積極預防多囊腎的母親遺傳給子女多囊腎，可以采取早期基因檢查或者試管胚胎甄別多囊腎的方式。